Milan Balabán se narodil 3. září 1929 do rodiny misijního kazatele Českobratrské církve evangelické na území tehdejšího Polska, dnes Ukrajiny. Od mládí psal básně a byl rozhodnut pro povolání duchovního. Na přelomu 40. a 50. let studoval na Komenského bohoslovecké fakultě, dnešní Evangelické teologické fakultě Univerzity Karlovy. Později studoval i ve Švýcarsku. Po studiích až do roku 1974 působil jako duchovní v Čechách i na Moravě.
Od 50. let byl členem sdružení teologů Nová orientace, které kritizovalo poměry v církvi i celé tehdejší společnosti v Československu. Totalitní režim Balabána kvůli jeho činnosti v disentu zbavil v roce 1974 státního souhlasu k výkonu duchovenské služby. Do roku 1990 tak Balabán pracoval v dělnických povoláních, včetně práce pro Pražské kanalizace.
Milan Balabán v 60. letech.
„Poněvadž jsme končili dost brzo, za čtyři hodiny byly práce vykonány, ale museli jsme čekat do doby, kdy je oficiální konec, tak jsme sedali v hospodách. A tam jsem se musel, jako puritán, naučit pít pivo. Po tom druhém pivu jsem začal vykládat o Masarykovi, Havlíčkovi, Dobrovském, Rádlovi. Pozornost byla zcela mimořádná,“ vzpomínal podle ČT na tuto dobu Balabán. V 70. letech také podle webu Paměť národa začal pořádat bytové semináře věnované výuce hebrejštiny, židovskému myšlení či Starému zákonu.
Po konci totality se dočkal vydání svých básní a habilitoval se v oboru religionistika. Později se stal profesorem a vedoucím katedry religionistiky na Univerzitě Karlově. V roce 2002 dostal od prezidenta Václava Havla státní vyznamenání za zásluhy o Českou republiku a v roce 2013 získal osvědčení o podílu na odboji proti komunistické totalitě.
