Spojení před dvěma měsíci oznámil vůdce Islámského státu v Iráku (ISI) abú Bakr Bagdádí, když prohlásil, že An-Nusra je "odnoží a součástí ISI". To podle Al-Džazíry vyvolalo odliv členů An-Nusry pod novou zastřešující organizaci, kterou Bagdádí označil za Islámský stát v Iráku a Levantě (ISIL). V praxi se to projevilo neshodami mezi veliteli na bojišti a také problémy při zásobování.
V dopise, který zaslal Bagdádímu i veliteli An-Nusry abú Muhammadovi Džulánímu, Zavahrí uvedl, že Bagdádí udělal chybu, když spojení ohlásil bez předchozí konzultace s vedením celosvětové Al-Káidy. Oba také ujistil, že Bagdádího polem působnosti zůstane Irák, zatímco Džulání bude rozhodovat o útocích v Sýrii.
An-Nusra bojuje na straně syrské opozice proti vládě v Sýrii, otevřeně se ale také hlásí k Al-Káidě. Je považovaná za velmi zdatnou složku boje proti Damašku. An-Nusra působí hlavně na syrském severu, v Aleppu a Idlibu. Z Idlibu prý k ISIL přešlo až 70 procent jejích bojovníků. Ti, kdo přeběhli k ISIL, přestali poslouchat rozkazy vedení An-Nusry.
Spolupráce
Bagdádí a Džulání kvůli tomu obeslali každý zvlášť Zavahrího, který je v Afghánistánu, a požádali, aby jejich neshody vyřešil. Zavahrí, který převzal vedení Al-Káidy po Usámovi bin Ládinovi, spojení obou skupin zrušil, ale doporučil oběma organizacím, aby spolupracovaly a navzájem se podporovaly penězi, zbraněmi i dodáváním bojovníků. Vyzval je, aby nebojovaly mezi sebou, a jmenoval abú Chálida Súrího jako svého zmocněnce a prostředníka.
An-Nusra je na seznamu teroristických organizací v USA a v květnu ji na seznam teroristických skupin zařadila také Rada bezpečnosti OSN.