Podle kritiků novela zákona porušuje práva, která církvím garantuje ústava. Lidovečtí senátoři jsou podle předsedy poslaneckého klubu KDU-ČSL Jaromíra Talíře připraveni ústavní stížnost podat.
Jádrem sporu je otázka, zda norma omezuje náboženskou svobodu a omezuje práva církví zřizovat podle vlastních norem duchovní i jiné instituce, jako jsou charity, školy nebo zdravotnická zařízení.
Lidovecký senátor Jiří Stodůlka při senátním projednávání novely v srpnu uvedl, že zasahuje do práva církví zřizovat své instituce nezávisle na státu. Ministerstvo kultury má podle něj možnost zrušit evidenci církevní právnické osoby. "Jeho případná tendenční rozhodnutí mohou mít až likvidační charakter," dodal.
Předkladatelem novely byl bývalý ministr kultury Pavel Dostál (ČSSD), který obvinění z omezování náboženské svobody odmítl. Registrovaných církví existuje v ČR celkem 26.
"Je tam konflikt hlavně s katolickou církví, od samého počátku," uvedl tehdy. Novela podle něj pouze říká, že církve "musí jednat podle právního řádu České republiky" a zřizování církevních právnických osob se musí dít podle tohoto řádu.
