Pocházel z elitní pražské měšťanskointelektuálské rodiny. Jeho praděd, restauratér a hoteliér Vilém Hauner (1842–1919) vlastnil hotel U Arcivévody Štěpána (pozdější hotel Šroubek) na pražském Václavském náměstí.
Jeho děd dr. Vilém Julius Hauner (1877–1941), matematik a filozof, se od mládí intenzivně věnoval dějinám vojenství a publikoval o této oblasti několik významných prací. Za druhé světové války se zapojil do domácího protinacistického odboje; v září 1941 byl zatčen a koncem října téhož roku zahynul v koncentračním táboře Mauthausen.
Historii a politologii se věnoval i Milanův strýc Edgar Stanislav Hauner (1906–1942), absolvent pařížské Sorbonny, advokát v Praze a rovněž protinacistický odbojář, jenž byl za heydrichiády v červnu 1942 popraven na kobyliské střelnici.
Prateta Marie Haunerová-Votrubová (1878–1957) proslula jako překladatelka z osmi jazyků, básnířka a fejetonistka.
Milan Hauner na archivním snímku
Milan Hauner se narodil 4. března 1940. V letech 1957–62 vystudoval historii a bohemistiku na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze a v letech 1964–68 tam působil jako vědecký aspirant. Ve druhé polovině šedesátých let také absolvoval studijní pobyt v Centru evropských studií v Nancy. Patřil k nejvýraznějším osobnostem tehdejší mladé, demokraticky zaměřené generace českých historiků.
Pozornost vzbudil již svou disertační prací Anglicko-německá námořní rivalita 1908–1912, jež předznamenala jeho další badatelskou orientaci na problematiku velmocenského soupeření ve 20. století.
Po sovětské okupaci Československa v srpnu 1968 se rozhodl emigrovat do Anglie, kde obdržel stipendium od Cambridgeské univerzity, v jehož rámci napsal objevnou disertaci o německých a japonských snahách využít indické nacionalistické hnutí ve strategických plánech za druhé světové války.
V následujícím období působil na Oxfordské univerzitě, kde se podílel na kolektivním projektu hospodářských dějin východní Evropy, a v Německém historickém institutu v Londýně. Spolupracoval s československým exilem, stal se členem Společnosti pro vědy a umění a v letech 1974–76 vedl východoevropské oddělení londýnského sekretariátu Amnesty International.
Dokumentace odboje i disentu
V roce 1980 přesídlil do Spojených států, kde zakotvil na Wisconsinské univerzitě v Madisonu, na níž se již předtím stala profesorkou jeho manželka Magdaléna Haunerová, mezinárodně renomovaná specialistka v oboru afrických jazyků a literatur. Nadcházejících třicet let postupně hostoval na četných evropských univerzitách, od roku 1990 opakovaně i na své mateřské Univerzitě Karlově.
Ve svých početných studiích a monografiích se zaměřoval na dějiny diplomacie v meziválečném období a za druhé světové války, na historii nacistického Německa a druhého československého zahraničního odboje i na problematiku ruské a sovětské imperiální expanze ve Střední Asii.
Dějepisným bestsellerem se stala jeho podrobná datová biografie Adolfa Hitlera (Hitler: A Chronology of His Life and Time, 1983 a několik dalších vydání), posléze publikovaná i v českém překladu Hitler den po dni (2017).
Ve spolupráci se svým přítelem Vilémem Prečanem se podílel i na dokumentaci činnosti československého exilu a domácího disentu. Od počátku 90. let editoval do té doby nepublikované rukopisy Edvarda Beneše a v roce 2007 vydal kritickou edici Benešových pamětí Mnichovské dny a Od Mnichova k nové válce a k novému vítězství.
Po listopadu 1989 pravidelně pobýval ve své staré vlasti, kde bádal v archivech, přednášel a zpovídal ještě žijící pamětníky. Rád se setkával se svými dávnými učiteli, kolegy a přáteli, ale i s historiky nastupující mladé generace, kterým se snažil pomáhat v jejich zahraničním rozletu.
Překypoval pracovním elánem a vždy přinášel pohodu a tvůrčí náladu, bez ohledu na svůj věk působil přímo mladistvě. Uprostřed příprav pražské oslavy jeho osmdesátých narozenin, v lednu 2020, byl však ve svém americkém domově postižen mozkovou příhodou a nedlouho poté těžkým průběhem covidové infekce.
Z vážného, přes velkou péči lékařů i milující rodiny beznadějného zdravotního stavu ho po dvou letech vysvobodila smrt.
