Zasáhl do podoby řady středověkých staveb a v neogotickém stylu vytvořil nové dominanty, jeho intervence však vyvolaly diskuse odborníků zejména v minulých dekádách. Dnes se na jeho tvorbu díváme mnohem střízlivěji. Mockerovi obhájci zdůrazňují, že tento architekt středověkým stavbám vdechl nový život, jinak bychom tu dnes měli jen malebné ruiny, ovšem jeho kritici na druhou stranu připomínají, že si často vedl svévolně a vnášel do historických staveb cizorodé prvky. Jak to tedy vlastně bylo?
Pravdu mají obě strany. Ale především: byla to jiná doba, památková péče byla v Mockerově éře v plenkách a přístup k dominantám minulých epoch byl tehdy mnohem velkorysejší, než je tomu dnes. Josef Mocker byl velkým obdivovatelem francouzského architekta Eugéna Violleta-le-Duc (1814–1879), který rekonstruoval katedrálu Notre-Dame v Paříži a také řadu středověkých památek ve své vlasti v romantickém duchu, což bylo tehdy ovšem běžné.
