Přesné příčiny havárie zatím nejsou známy. Na místě zasahovaly všechny složky integrovaného záchranného systému
Podle mluvčí jihočeských hasičů Venduly Matějů stroj skončil po zřícení zcela zdemolovaný. „Letadlo letělo z Berouna, kde měl pilot mateřské letiště, do Strakonic a odtud se vracelo zpět,“ řekl Matzner. Šlo o takzvaný navigační let, který prověřuje schopnosti pilota.
Případ vyšetřuje kromě policie i ústav pro odborné zjišťování příčin leteckých nehod. Ten si v následujících dnech vrak stroje převezme. „Zatím opravdu netušíme, co bylo příčinou tragické události,“ uvedl Matzner. Mluvčí záchranné služby Petra Kafková řekla, že pilot byl zaklíněný v letadle a zemřel před příjezdem záchranářů.
Naposledy se stala tragická letecká havárie v Jihočeském kraji před dvěma roky. Tehdy poblíž Trhových Svinů na Českobudějovicku spadlo malé sportovní letadlo. Na jeho palubě zahynuli dva muži ve věku 57 a 63 let. Následné vyšetřování ukázalo, že stroj, který mířil z České republiky k Jaderskému moři, byl přetížený.