Po návratu do Prahy nastoupila na osmileté reálné gymnázium, kde v roce 1945 maturovala. Vdala se a spolu s manželem se přihlásila na vysokou školu. Při studiu francouzského, německého a anglického jazyka na Filozofické univerzitě Univerzity Karlovy pracovala jako technická překladatelka ve Škodových závodech v Praze. Po pěti semestrech jí bylo odňato stipendium a byla nucena studium ukončit.
V roce 1948 se manželům Charvátovým narodil syn Petr. Vzhledem k tomu, že jí podnik neumožnil změnu pracovní doby, musela odejít ze zaměstnání. Manželé Charvátovi se zapojili do činnosti odbojové skupiny Vratislava Polesného, která chtěla vojenským převratem změnit poměry v Československu. Tato skupina se 12. května 1949 pokusila osvobodit politické vězně z litoměřické věznice a Vlasta Charvátová při tom postřelila příslušníka Sboru vězeňské stráže.
Státní bezpečnost zatkla členy skupiny 17. května 1949. V této době V. Charvátová čekala druhé dítě a po jednom brutálně vedeném výslechu potratila. Státní soud v Praze ji 22. srpna 1949 odsoudil na doživotí za velezradu, vyzvědačství a pokus o vraždu. Dále jí byl udělen peněžitý trest ve výši třiceti tisíc korun, zkonfiskován majetek a odebrána čestná občanská práva na deset let.
Její manžel a Vratislav Polesný byli odsouzeni k smrti a následně popraveni. Syna Petra vychovávala babička, ale část dětství strávil i v dětských domovech. Během své vězeňské kalvárie prošla Vlasta Charvátová věznicemi ve Znojmě, Kutné Hoře, Litoměřicích, v Praze Pankráci a v Pardubicích. V roce 1953 jí byl trest amnestií prezidenta republiky snížen na dvacet pět let.
Vlasta Charvátová byla jednou z dvanácti žen, které se v roce 1956 obrátily na generálního tajemníka OSN s protestními dopisy, v nichž popisovaly kruté podmínky panující ve vězení. Ze žaláře byla propuštěna až 18. prosince 1963. V té době bylo jejímu synovi již patnáct let.
