Spolu se spoluobžalovanou Janou Nagyovou, jeho někdejší poradkyní, si přitom byl vědom toho, že je společnost propojena s firmami ze skupiny Agrofert a že po dokončení výstavby hodlá působit na stejných relevantních trzích nebo sousedním trhu, píše se také v obžalobě.
Nagyová podle obžaloby, o jejímž obsahu už v pondělí informoval také Deník N, v únoru 2008 podala žádost o dotaci pro společnost Farma Čapí hnízdo a to i přes to, že věděla, že firma nesplňuje podmínky pro poskytnutí dotace. V té době byla místopředsedkyní představenstva Čapího hnízda. V žádosti podle Šarocha uvedla nejen formální naplnění podmínek pro udělení dotace, ale také nepravdivou informaci, že je Farma Čapí hnízdo malým a nezávislým podnikem. Úředníkům také zamlčela, že osobou, která společnost fakticky ovládá, je právě Babiš.
Babišova bývalá poradkyně také podle Šarocha neuvedla, že společnost Farma Čapí hnízdo hodlá po dokončení výstavby areálu působit na stejných trzích jako společnost Agrofert. Proto, aby byly zkoumány vztahy mezi podniky prostřednictvím fyzických osob, totiž musí podniky působit na „stejném relevantním trhu“ nebo na sousedních trzích.
Nagyová také úředníky neinformovala o angažovanosti společností Agrofert a Imoba v úvěrových vztazích Farmy Čapí hnízdo v souvislosti s financováním výstavby areálu, „tedy skutečnosti dokládající evidentně bezproblémový přístup společnosti Farma Čapí hnízdo k finančním zdrojům pro realizaci projektu,“ píše Šaroch.
Babiš je pak obžalován z toho, že ke zdánlivému vytvoření formálních předpokladů pro udělení dotace ve druhé polovině roku 2007 zajistil vyvedení společnosti, tehdy ještě pod názvem ZZN Agro Pelhřimov (Agro a.s.), ze skupiny Agrofert a prodej akcií svým dětem a partnerce. Akcie byly zaplaceny z Babišova účtu. „Důvodem tohoto převodu akcií bylo účelové a formální vytvoření zdání, že společnost Agro a.s. je samostatný nezávislý malý nebo střední podnik, který není propojen se žádnou jinou společností,“ uvedl Šaroch v obžalobě.
Později Babiš podle obžaloby zajistil, aby bratr jeho partnerky získal většinu akcií, a to proto, aby jeho příbuzní neměli určité množství hlasovacích práv. Společnost tak podle obžaloby zdánlivě naplňovala definici nezávislého podniku, a mohla se ucházet o dotaci. Vyplacením dotace pak podle obžaloby vznikla Regionální radě škoda 49,9 milionu, z čehož 42,5 milionu bylo poskytnuta z rozpočtu EU a po 3,7 milionech korun pocházelo ze státního rozpočtu a z rozpočtu Středočeského kraje.
Čapí hnízdo nyní vlastní společnost Imoba z holdingu Agrofert, která v roce 2018 spornou dotaci státu vrátila. Babiš vlastnil holding do roku 2017, pak jej vložil do svěřenských fondů.
Babiše a Nagyovou (dříve Mayerovou) státní zástupce Jaroslav Šaroch obžaloval v březnu. Oba obžalovaní navrhovali soudu, aby obžalobu předběžně projednal, předseda trestního senátu Jan Šott jim ale nevyhověl a nařídil hlavní líčení, které začne 12. září. Nagyová je obžalovaná z dotačního podvodu a poškození finančních zájmů EU, Babiš pak z pomoci k dotačnímu podvodu. Podle trestního zákoníku jim hrozí až desetileté vězení, Šaroch pro ně navrhuje tříleté podmínky a peněžité tresty. Babiš i Nagyová vinu v minulosti odmítli.
Babiš: V této kauze už mě nic nepřekvapí
Babiš už v červnu uvedl, že ho v kauze Čapí hnízdo už vůbec nic nepřekvapí. „Fatálně pošpinila mě, moji rodinu, ale i moje současné a bývalé kolegy. Za tu dobu, co se případ táhne, ovlivnila neuvěřitelné množství voleb. V září ten vykonstruovaný a účelový pokus o moji kriminalizaci bude pokračovat. A to, světe div se, opět jen pár dní před dalšími volbami,“ uvedl.
Obžaloba Babišovi neznemožňuje případnou kandidaturu na prezidenta. Podle ústavy a zákona o volbě prezidenta může být zvolen každý občan, který je volitelný do Senátu, pokud mu nebyla omezena svéprávnost k výkonu volebního práva. Babiš v květnu pro CNN Prima NEWS řekl, že se o případné kandidatuře na prezidenta rozhodne až na poslední chvíli, přesný termín ale neuvedl.
Nagyová Deníku N v březnu po podání obžaloby řekla, že jde o „exemplární příklad apolitického a objektivního rozhodovaní o vině a nevině, životě a smrti“. K trestnému činu má podle ní jednání „na hony daleko“.
Někdejší náměstkyni jihlavského primátora navrhl krajský sněm ANO na Vysočině do podzimních senátních voleb za okrsek Jihlava a čekal na schválení na celorepublikové úrovni. Nagyová poté sdělila, že její kandidatura do Senátu je definitivně schválená. K termínu hlavního líčení se vyjadřovat nechtěla. „Komentovat datum mi nepřísluší, snad jen, že se jeví, že září bude dost hektické. Děti do školy, soud, volby,“ řekla Nagyová.
Takzvanou reklamní větev kauzy Čapí hnízdo policie v červnu odložila. V této části kauzy se prověřují možné daňové úniky u plateb od firem z holdingu Agrofert za reklamu konferenčnímu centru Čapí hnízdo. Rozhodnutím kriminalistů se bude zabývat státní zástupce, jak již dříve informoval mluvčí pražského městského státního zastupitelství Aleš Cimbala.
