Proti záměru města se zvedla vlna odporu jak ze strany Pražanů, tak i Středočechů, kteří do Prahy dojíždějí přímými spoji právě na Masarykovo nádraží. Proti jsou České dráhy a Správa železniční a dopravní cesty. Dalším argumentem, který se staví ve prospěch nádraží, je právě zprovozněné Nové spojení. Projekt, jehož záměrem bylo především dokončení pražského železničního uzlu tak, aby vlakové linky mohly projíždět celým městem a aby existovalo spojení mezi všemi pražskými stanicemi, by bez Masarykova nádraží téměř ztratil opodstatnění.
Vlaky, které z nádraží v centru města vyrážejí, by se podle Českých drah na Hlavní nádraží jednoduše nevešly. Zrušení Masaryčky by tak znamenalo výstavbu dalších tratí. „Například ve směru od Dejvic koleje na Hlavní nádraží jednoduše nevedou, Negrelliho viadukt ústí přímo na Masarykově nádraží. Museli bychom tedy vlaky ukončit v Dejvicích, což by úplně popřelo význam takzvaných linek S, které naopak mají vést celým městem,“ řekl mluvčí Českých drah Ondřej Kubala.
