Muzeum totiž průběžně rozšiřuje své sbírky a do staré budovy už se jednoduše nevejde. Proti roku 1990 má dvakrát tolik exponátů. Přibývá akvizic, darů, ale i archeologických nálezů, které se objeví v Praze a městu ze zákona patří. Archeologické nálezy tvoří dvě třetiny sbírek muzea, zbytek jsou sbírky historické.
Nová budova muzea by podle plánů vedení měla stát přímo naproti historickému objektu. Celkové náklady na její stavbu i na obnovu původní novorenesanční budovy z konce 19. století by měly vyšplhat na 540 milionů korun.
Do nové budovy by měl být umístěn Langweilův model Prahy, expozice urbanismu a další provozy, které nemusejí být v historické budově. Ta by se naopak mohla více otevřít veřejnosti.
Muzeum možná čekají i organizační změny. Radní pro kulturu a památky Milan Richter přišel s návrhem organizačně sloučit muzeum s Galerií hlavního města Prahy. Richter argumentuje především úsporou peněz a tvrdí, že má v rukou studii, podle níž by mohlo sloučení ušetřit. Představitelé obou institucí jsou ale proti. Podle ředitelky muzea Zuzany Strnadové už skutečně není kde ušetřit, dnes se například o téměř milion sbírkových předmětů stará jen osm kurátorů. „Je to pouze ideový záměr, námět pro přemýšlení pro mě a pro paní ředitelky muzea a galerie. V žádném případě ani muzeum, ani galerie nezaniknou. Organizace by zůstaly oddělené, působily by jako detašovaná pracoviště,“ řekl radní.
Proti jeho nápadu je opozice na magistrátu, vedení obou institucí i například Uměleckohistorická společnost. Místopředseda zastupitelů za ČSSD Miroslav Poche řekl, že podle něj je účelem sloučení spíše ustavení nové pozice marketingového ředitele, která by naopak vedla ke zvýšení výdajů.
Muzeum má roční rozpočet kolem 50 milionů korun. Město dává v posledních letech ročně ještě 30 až 60 milionů korun na rozšiřování depozitářů.
