Barroso ale přes tyto komplikace věří, že ČR smlouvu ratifikuje. Šéf Evropské komise podle svých slov naposledy s Klausem o Lisabonu hovořil v květnu letošního roku na summitu EU-Rusko v ruském Chabarovsku. Český prezident mu prý tehdy naznačil, že nepodepíše smlouvu před irským referendem a že očekává ústavní stížnost senátorů, přestože Ústavní soud již jednou rozhodl, že unijní dokument je v souladu s českou ústavou.
Hra o čas „Já jsem se ho ptal naprosto upřímně na tuto věc. Jediné, co mi odpověděl, bylo, že na konci proti ratifikaci nebude,“ řekl Barroso. Podle něj Klaus smlouvu podepíše i z toho důvodu, že byl do své funkce zvolen českým parlamentem, který smlouvu odsouhlasil. Předseda EK nicméně vyzval Polsko a Česko, které zatím jako jediné z EU smlouvu plně neratifikovaly, aby tak učinily co nejrychleji. Čas je totiž údajně největší problém, který v současnosti neumožňuje sestavit novou Evropskou komisi. Není totiž stále jasné, jestli EU bude fungovat podle Lisabonské smlouvy, nebo podle smlouvy z Nice.
Pokud by unie fungovala podle Lisabonské smlouvy, každá země by měla svého eurokomisaře, podle smlouvy z Nice by se však měl počet eurokomisařů snížit. Podle některých spekulací by o svého eurokomisaře mělo přijít Česko, pokud Klaus smlouvu v dohledné době nepodepíše.
