Tým docenta Pavla Jungwirtha z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR sestaví počítačový model vody, iontů solí a bílkoviny. Volba modelu je ovlivněna dosavadním poznáním, jak na sebe ionty a atomy na povrchu bílkoviny ve vodě působí.
Model je tedy zjednodušený, ale jakmile vědci systém vymezí určitými kritérii, nechají ho vyvíjet samostatně podle newtonovských rovnic. Spontánně se tak vytvářejí struktury, které jsou energeticky výhodné. Jedním z indikátorů o správnosti modelu je jeho stabilita. Pokud se při drobné změně parametrů bude systém vyvíjet úplně jinak než v předchozím pokusu, pak je model nespolehlivý.
Nyní dokáže tým docenta Jungwirtha monitorovat pohyby bílkovin a iontů ve vodě s časovým rozlišením pouhé femtosekundy, tj. 10-15 sekundy. Taková „momentka“ už na úrovni atomů zachytí objekty v klidu. Biochemiky ovšem zajímají především pomalejší procesy jako uspořádávání bílkovin a ty trvají milisekundy až sekundu. Vědci je ale zatím dokáží napodobit jen po dobu několik mikrosekund. Pro představu, v počítačovém čase trvá taková simulace týdny až měsíce.
