Na kolejích neplatí základní zásada ze silnic, podle které má řidič automobilu jet takovou rychlostí, aby mohl bezpečně zastavit na vzdálenost, na kterou vidí. Strojvedoucí nejezdí podle rozhledu, ale podle zabezpečovacího zařízení. To představuje výhodu za snížené dohlednosti, například při husté mlze, kdy silniční vozidla musí jet pomalu, zatímco vlak obvyklou rychlostí.
Naopak je to nevýhodné při vichřici, kdy jsou přes cestu napadané stromy, které železniční zabezpečovací zařízení nepozná. Zatímco auto před padlým stromem stačí zastavit, na železnici se stává, že bez včasného varování vlaky do padlých stromů narazí. Ví-li se již o nebezpečí padlých stromů, musí vlaky jezdit tzv. podle rozhledu, tedy pomaleji než normálně, což vede ke zpožděním.
Další rozdíl je, že směr jízdy vlaku není určován volantem, ale je fyzicky držen ocelovými kolejnicemi. Když je cesta zakrytá sněhem. řidič auta nevidí krajnici a může skončit v zavátém příkopu, vlak ale jede po kolejích, i když je strojvedoucí pod sněhovou vrstvičkou nevidí. Ve větší závěji však samozřejmě může vlak uváznout stejně jako auto. Kolejové vozidlo navíc nemůže objet případnou překážku.
Železniční vozidlo, pohybující se ocelovými koly po ocelových kolejnicích, má horší adhezní vlastnosti než například pneumatika na asfaltu, a proto potřebuje i větší vzdálenost na zastavení a pomaleji se rozjíždí. Adheze se zhoršuje, když jsou kolejnice mokré, namrzlé nebo zejména pokryté spadaným mokrým listím. Takové situace mohou zejména v úsecích s větším sklonem působit zpoždění.
Na plynulost železniční dopravy mají vliv i extrémní horka nebo extrémní mrazy, kdy vlivem teplotní roztažnosti kolejnic může docházet k jejich lomům nebo deformacím. Pak je nutná pomalejší jízda nebo přerušení provozu.
V létě jsou velmi výraznou komplikací bouřky. Kromě přívalových dešťů to je zejména elektrická aktivita bouřek způsobující výpadky elektrického zabezpečovacího zařízení. Při jeho poruše musí vlaky jezdit podle rozhledu, a navíc ještě víc zpomalovat před porouchanými železničními přejezdy. Tím zejména při rozsáhlejší bouřkové činnosti výrazně narůstají zpoždění i na větších územích.
Počasí má vliv nejen na dopravní cestu, ale i na vozidla. Při mrazech může v osobních vagonech zamrznout voda, proto se preventivně vypouští. Ve většině vlaků tak asi od října do dubna neteče na toaletách voda. Přitom s využitím speciální předpovědi počasí by se délka tohoto období dala výrazně omezit.
Možnosti speciálních předpovědí pro železniční dopravu u nás bohužel ještě nejsou zcela využity.
