Podle Vodrážky Pernes necituje v knize z primárních zdrojů a až 46 procent všech citací prý opsal od Vytlačila. Pernes ale namítá, že pracoval s podobnými prameny jako Vytlačil, a navíc podle něj nejde o vědeckou knihu, která by musela mít podrobně zpracovaný poznámkový aparát: „Není to odborná práce, ale práce popularizační. Nenašel jsem jedinou větu, kterou bych převzal od Vytlačila a neuvedl ji uvozovkami. Přiznávám, že jsem s tou prací pracoval, ostatně nejen v seznamu použité literatury, ale i v samotném textu pana Vytlačila zmiňuji slovy: Jak mladý kolega Vytlačil uvádí. Opravdu nevím, co víc jsem měl dělat.“
Pernes také vysvětloval svůj postup, kdy se hned 1. dubna, tedy první den v úřadě, zbavil čtyř členů vedení ústavu. „Nesouhlasím s některými dřívějšími kroky, jako například s rekonstrukcí ředitelské kanceláře za čtyři miliony korun,“ hájil třeba vyhazov šéfa odboru ekonomiky a provozu Marcela Uchytila.
Spor o zveřejňování archiválií
Do sporu se Pernes dostal i se svým předchůdcem Pavlem Žáčkem. To kvůli svému slibu zpřístupnit do konce roku 14 milionů kopií archivních dokumentů, které před rokem 1989 vytvořila rozvědka. Žáček se do Pernese po skončení tiskovky opřel s tím, že tyto materiály na web plošně dát nelze, protože by mohl být porušen zákon na ochranu osobních údajů. Pernes ovšem kontroval tvrzením, že dokumenty nemíní zveřejňovat plošně na internetu, ale zájemce si je bude moci v elektronické podobě objednat do studovny ústavu a dostane je až po kontrole, že jejich uvolněním nebude porušen žádný zákon. V prohlášení, které Pernes na tiskovce rozdával, se skutečně o zveřejňování materiálů na webu ústavu nepíše.
Kromě elektronického zpřístupnění materiálů rozvědky plánuje Pernes otevřít pobočku ústavu v Brně, kde by o archiválie mohli žádat moravští zájemci. Ústav také čeká personální audit. Od něj si Pernes slibuje, že povede k propuštění některých úředníků, a naopak k náboru historiků a archivářů.
