Problematické mají být nové zděné příčky, vyměněná okna nebo odstraněné historické dřevěné podlahy. Rekonstrukce za téměř dvě miliardy z veřejných prostředků má pomoci Národní knihovně, která tu sídlí. Zástupci Národní knihovny nechtěli probíhající kontrolní akci památkářů komentovat dříve, než skončí. Pokuta může být až čtyři miliony korun.
Opravu Klementina provázejí i jiné nejasnosti. Práce začaly bez přesného rozpočtu pro celou stavbu. Firma, která rekonstrukci provádí, dává rozpočet na jednotlivé etapy. Další otázky vyvolalo, když ředitel knihovny Pavel Hazuka přestal komunikovat s odbornou komisí památkářů a architektů. Ta měla na rekonstrukci dohlížet.
