Zilk zprávu, že měl být v 60. letech placeným udavačem StB, popřel. Přesto právě kvůli tomuto podezření přišel o vysoké státní vyznamenání, Řád bílého lva, které mu chtěl udělit tehdejší český prezident Václav Havel za jeho zásluhy o zlepšování česko-rakouských vztahů. Většina spisů, které měly prokázat Zilkovu temnou minulost, byla již před desítkami let zničena. Rakouský tisk proto spekuloval, že policie o jeho kontaktech věděla a snažila se je utajit.
Havel se o deset let později, na Zilkově pohřbu, za svůj krok omluvil. Nicméně loni znovu potvrdil, že vídeňský starosta vědomě spolupracoval s tajnými službami. „To, že se v záležitosti kolem pana Zilka jednalo o určité druhy spolupráce s tajnými zpravodajskými službami, je snad očividné,“ řekl rakouskému deníku Der Standard. A zdůraznil, že záměrně použil množné číslo. Vedle spolupráce s StB se spekulovalo i o Zilkově práci pro americkou CIA.
