„Spis jsem viděl minulý týden, z našeho pohledu tam podezření na spáchání trestného činu není,“ řekl Špaček. Třebíčští vyšetřovatelé se trestním oznámením nemocnice zabývali od 3. října, prověřování tedy uzavřou za zhruba tři týdny. Nejdříve provedli testy DNA u postižených rodin, které potvrdily výsledky soudních znalců v kauze otcovství Libora Broži: děti byly zaměněny. Následovaly výslechy rodičů a celkem osmi zdravotníků.
Nemocnice dostala podle ředitele Petra Mayera první informace o záměně novorozenců 21. září. Na základě nesrovnalostí ve zdravotnické dokumentaci primář gynekologie identifikoval dvě miminka, u kterých nesouhlasila porodní váha a délka. Podle nemocnice pochybilo sedm zdravotníků, za záměnu dětí padly v nemocnici personální tresty. Mayer dal výpověď primáři dětského oddělení Janu Kozákovi a vrchní sestře Jitce Pospíšilové. Druhá dětská sestra, jež děti koupala a přepsala dokumentaci, byla okamžitě propuštěna.