Členové správní rady ústavu mu vyčítají jak manažerské selhání, tak pracovní přehmaty. Podle některých pracuje na politickou objednávku.
Radní trápí například personální problémy ústavu. Kvůli osobním a pracovním sporům s Žáčkem odešla celá řada erudovaných historiků: Petr Blažek, Petr Koura, Tomáš Bursík a další.
Žáčkův kredit poškodily zejména dvě historické kauzy: zcela mylné závěry o tom, že bratři Mašínové plánovali atentát na komunistického prezidenta Klementa Gottwalda. A dosud stále živý případ udavačství světoznámého spisovatele českého původu Milana Kundery.
Ústav si už dokázal znepřátelit i politiky a umělce. Umělecké kruhy šokoval předčasně zveřejněnými informacemi o Kunderovi, v nichž se uvádí, že světoznámý spisovatel udal státní bezpečnosti letce Miroslava Dvořáčka.
Historiky pak Žáčkův ústav rozzlobil silně zkreslenými informacemi o atentátu na Gottwalda. Sám Ctirad Mašín poté vysvětlil, že šlo jen o úvahy a že jeho skupina neměla na tento čin peníze ani zbraně.
