Důvodem je nesprávné zacházení s veřejnými prostředky. Kubíček údajně fakturoval muzeu honoráře, na které neměl nárok. Kubíček však s těmito důvody nesouhlasí.
„Máme vážná podezření, že se v muzeu nenakládalo s veřejnými prostředky tak, jak by se s nimi nakládat mělo,“ řekl ministrův tajemník Stanislav Brunclík. Ministr Besser v pořadu Hyde park České televize uvedl, že Kubíček sám pro sebe schvaloval ročně odměnu ve výši téměř 400 tisíc korun, což byla polovina všech prostředků, které byly na odměny v muzeu určeny. Navíc si sám sobě fakturoval 41 tisíc měsíčně za externí práci pro muzeum. „Já si nemyslím, že to je dobrý správce veřejných peněz,“ uvedl v ČT Besser. Kubíček se proti informacím, že by se jakkoliv obohacoval na úkor muzea, ohradil. „Je to nehorázná lež, proti které se chci bránit soudní cestou. Osobně mohu doložit veškeré prostředky, se kterými jsme v muzeu nakládali. Pevně věřím, že mě probíhající audit očistí,“ uvedl odvolaný ředitel Kubíček v prohlášení.
V současné době v muzeu probíhá interní audit, který doprovází zástupci organizace Transparency International. Od pondělí by měl nastoupit externí audit renomované auditorské společnosti. Její jméno bude známé dnes po otevření obálek s nabídkami auditorských společností. Audit by měl prověřit hospodaření, výběrová řízení a nakládaní s majetkem ministerstva a jím řízených příspěvkových organizací.
