Mušaraf nastoupil do nejvyššího státního úřadu 20. června 2001 poté, co dosavadní prezident Muhammad Rafík Tarar abdikoval. Po převratu Mušarafem ustanovená Národní bezpečnostní rada schválila v roce 1999 antikorupční zákon, na jehož základě začalo zatýkání v politických a obchodních kruzích. Veřejnost zákon přijala s nadšením a Mušaraf si připsal politické body.
Vojenský puč si vysloužil silnou kritiku od mnoha vlád v čele s Evropskou unií, Velkou Británií a Spojenými státy. Všechny hospodářské sankce uvalené na Pákistán od roku 1998, kdy vláda uskutečnila jaderné pokusy, ale odvolal v roce 2001 po teroristickém útoku na USA prezident George W. Bush za Mušarafův příslib podpory v protiteroristickém tažení v sousedním Afghánistánu. Svým prozápadním postojem si Mušaraf postupně vysloužil rostoucí odpor značné části pákistánské veřejnosti, ovlivněné islámským radikalismem. K prezidentově klesající oblibě přispěl i fakt, že se navzdory neustálým slibům odmítal vzdát kontroly nad armádou.
