V té době se také angažoval na hudební scéně. V roce 1967 založil v Mariánských Lázních rockovou skupinu Aktual. Když se Knížák roku 1970 vrátil z pobytu v USA, Aktual obnovil činnost a fungoval do roku 1972; pořídil i nahrávku ve zkušebně. Devatenáct písní Aktualu nedávno vyšlo na albu Atentát na kulturu.
Knížák studoval několik vysokých škol, ale žádnou nedokončil, včetně AVU, o které prohlásil: „Tam jsem se setkal s leností, pohodlností v myšlení a záměrným odmítáním myslet, a to i u pedagogů. Došel jsem v samostatné práci dál. Žádný profesor mě nechtěl vzít do speciálky. Tak jsem zase, ač nerad, odešel.“
Na AVU byl pak v letech 1990-1997 rektorem, dosud tam působí jako pedagog. Od roku 1999 je generálním ředitelem Národní galerie v Praze. Říká, že byl v totalitním režimu přibližně třistakrát zadržen, perlustrován a krátkodobě zadržen policií, mnohokrát strávil řadu měsíců ve vyšetřovací vazbě. Od roku 1966 byl evidován jako nepřítel státu.
Milan Knížák uspořádal více než stovku samostatných výstav a zúčastnil se stovek společných expozic po celém světě. Vydal desítky knih a katalogů, několik hudebních nosičů. Tvrdí o sobě, že je stále pošetilý.
