* LN Čím se váš projekt zabývá?
Vrámci projektu, který se jmenuje Checkmate, se zaměřujeme na výzkum mutací viru ptačí chřipky. Zkoumáme část viru, kterou používá pro infekci buněk v plících. Tento receptor je velmi velká molekula, kterou je nutné přesně vymodelovat. Vyžaduje to ale velkou výpočetní sílu. Další věcí, kterou musíme odhalit, je statistika mutací. Jde o to, jaká bude pro virus během následujících let nejpravděpodobnější mutace, předvídat genetickou trajektorii. A to není nic jednoduchého.
* LN Kolik možností mutace je?
Je jich skoro nekonečno, ale drtivá většina je pro virus nepoužitelná. Při mnoha se virus sám zlikviduje. My se soustředíme na takzvané produktivní mutace. Těch je několik tisíc. Modelujeme asi jedenáct tisíc typů receptorů viru.
* LN Vyhrajete?
To záleží na tom, kdy se pandemie objeví. Potřebujeme čas na to, abychom mohli projít různé možnosti mutace a analyzovat je. Pro každou z těch pravděpodobných, která by pro člověka znamenala hrozbu, připravíme prototyp vakcíny. Odhadujeme, že do pěti let budeme mít spočítány všechny pravděpodobné a nebezpečné mutace a budeme pro ně mít připravené vakcíny. Když jsem viděl projekt před rokem a půl, myslel jsem si, že je to úplně šílené. Spočítat mutace viru a mít vakcínu připravenou ještě před tím, než virus skutečně zmutuje, znělo velmi bláznivě. Ale vše je podepřené seriózní vědou. Známe strukturu receptorů viru a dokážeme ji modelovat, máme nyní k dispozici i dostatek výpočetní síly, takže je možné modely i spočítat.
* LN Proč jste se zaměřili na ptačí chřipku?
Chřipka je momentálně velký problém, protože se jí nakazilo mnoho ptáků, kteří ji mohou snadno a rychle roznášet po celém světě. Je tu nebezpečí, že virus zmutuje a dokáže infikovat i člověka. Mohli bychom se pak setkat s podobnou pandemií jako v roce 1919, kdy na španělskou chřipku zemřelo mezi padesáti a sto miliony lidí.
* LN Ale v roce 1919 tu byla jiná situace, mnoho lidí se pohybovalo mezi kontinenty, vojáci i zajatci se vraceli domů...
To je pravda, tehdejší okolnosti pomohly chřipce rychle se rozšířit. Ale nyní je situace podobná. Máme globálně propojený svět, ve kterém mnoho lidí cestuje. I přes preventivní opatření je možné, že se infekce rozšíří.
* LN Jsou tu ale hrozivější viry než chřipka, například HIV, Marburg nebo Ebola. Nebylo by lepší soustředit se na ně?
Viry můžeme klasifikovat podle toho, jak jsou nebezpečné, ale také podle infekčnosti. Je pravda, že Ebola je smrtící virus a když se jí nakazíte, máte velkou šanci, že zemřete. Ale není tak rozšířená. Proti tomu virus H5 N1 se šíří velmi snadno a je velmi patogenní, způsobuje smrt padesáti až šedesáti procentům nakažených lidí.
* LN Kolik výpočetního výkonu potřebujete na projekt Checkmate?
Hodně. Využíváme superpočítač Blue Gene ve Watsonově centru IBM ve státě New York, což je jeden z nejvýkonnějších superpočítačů na světě.
* LN Co se stane s hotovými výpočty?
Naším partnerem je v tomto případě americký výzkumný ústav Scripps, který by případně mohl vakcínu licencovat farmaceutickým společnostem, jako to již několikrát udělal. My vakcíny nevyrábíme. Pro IBM je to zajímavý projekt, protože firma přispívá k vyřešení celosvětového problému a demonstruje, že její technologie superpočítače Blue Gene je funkční a je díky ní možné řešit výpočty, které do této doby nebylo možné spočítat.
* LN Kolik vědců na projektu pracuje?
Máme dvacet čtyři vědců, kteří jsou vedoucími jednotlivých týmů. Na projektu se podílí ještě několik biotechnologů, doktorandi i odborní asistenti.
* LN Kolik to IBM stojí peněz?
IBM samozřejmě do projektu investuje, ale rovněž žádáme o granty, jak je to u výzkumu obvyklé. S projektem žádáme o prostředky grantové agentury i Evropskou unii. Granty na tento projekt dostal také institut Scripps, který dokonce od státu Florida získal 170 milionů dolarů na centrum, které se bude tomuto projektu věnovat.
***
Kdo je Emmanuel Delamarche
O autorovi| ONDŘEJ MALÝ zvláštní zpravodaj LN ve Švýcarsku
