Podle volebního zákona by měly mít v zastupitelstvu své lidi všechny strany, kterým se podařilo překonat pětiprocentní hranici. Po minulých volbách dominantní ODS však v Praze prosadila výraznou změnu volebního systému. I přes protesty opozice Prahu rozdělila na sedm obvodů. Tato změna posiluje postavení velkých stran, naopak těm malým značně ztěžuje vstup do zastupitelstva. Strana zelených s 5,9%hlasů ani Věci veřejné s 5,66 % hlasů do zastupitelstva neprošly. Naopak vítězná TOP 09 a ODS získaly celkem o osm zastupitelských křesel více, než by dostaly podle pravidel z voleb v roce 2006, kdy celou Prahu tvořil jediný obvod.
Strana zelených už oznámila, že kvůli novému rozdělení volebních obvodů podá stížnost k Nejvyššímu správnímu soudu. „Naši stížnost před volbami zamítl soud s argumentem, že nemůže předvídat výsledek voleb. Nyní máme fakta na stole. ODS touto manipulací poškodila voliče koalice Strany zelených a SNK ED a dalších středně velkých a menších stran,“ uvedl předseda SZ Ondřej Liška. Žalobu zváží podle Radka Johna i Věci veřejné
Na přepočet hlasů a rozdělení do obvodů doplatily například Markéta Reedová (VV) a Petra Kolínská (SZ). Zatímco Martě Semelové (KSČM) ve třetím obvodu stačilo na zastupitelský post 4835 hlasů, Reedová ve stejném obvodu získala o více než 1200 hlasů více, ale kvůli výsledku celé strany neuspěla. Mandát nezískala ani v prvním obvodu Kolínská, i když jí voliči dali 5240 hlasů, tedy o 400 více než Semelové.
