Jeho dřívější zaměstnavatel ho podezříval ze zpronevěry peněz. Bátora se soudil s Vyšší odbornou školou publicistiky kvůli platnosti výpovědi a finančnímu vyrovnání. Podle Jana Kofroně z pražského arcibiskupství, které školu zřizuje, nakonec kvůli procesní chybě škola při prohrála a musela Bátorovi sporné peníze zaplatit.
V roce 2003 vedení školy, k němuž Bátora patřil, údajně prohospodařilo přes půl milionu korun. Sám Bátora dostal od školy k padesátinám 50 tisíc. Dárce, tehdejší ředitel školy Petr Brichcín, i Bátora pak krátce nato obdrželi od nového vedení výpověď. „Jsem přesvědčen, že bývalé vedení školu tunelovalo. Jde patrně o hospodářskou kriminalitu,“ uvedl ke kauze v Učitelských novinách ekonomický zástupce ředitele školy Milan Šimáček. Bátora ale tvrdí, že škola se s ním dostatečně nevyrovnala, a zažaloval ji.
Proti Bátorovi, kterého si chtěl na resort školství přivést ministr Dobeš, se zvedla vlna odporu. Kritici, včetně premiéra Petra Nečase, Bátorovi vyčítali jeho kandidaturu za extremistickou Národní stranu v roce 2006. Bátora včera Radiožurnálu řekl, že premiér Nečas se podílel na jeho mediálním lynči, když řekl, že „nemůže být kvůli své extremistické minulosti náměstkem ministra školství“. Bátora se hájí, že v někdejší Národní straně došlo od roku 2006 k výraznému názorovému posunu a on nikdy nebyl jejím členem.
Bátora toho v politice zkusil hodně. Ještě za komunismu byl členem Československé strany socialistické, po roce 1989 pak ODA, Machových Svobodných občanů a nyní Suverenity Jany Bobošíkové.
