Ve Velké Británii se v roce 1941 přihlásil k paradesantnímu výcviku a spolu s Vladimírem Škáchou byl vybrán pro výsadkovou operaci nesoucí krycí označení Silver B. Do obsazené vlasti seskočili spolu Janem Kubišem a Josefem Gabčíkem 29. prosince 1941.
Oba výsadkáře však od počátku provázela smůla, záchytné adresy selhaly a přišli i o vysílací stanici. Postupně museli rezignovat na své původní úkoly. Ale dařilo se jim několik let unikat gestapu, které jim bylo v patách. Teprve počátkem roku 1945 byl za dramatických okolností zatčen Vladimír Škácha. Jan Zemek se dočkal osvobození v řadách partyzánské skupiny v Buchlovských lesích. Jeho dva bratři během okupace zahynuli.
