Zlomem v životě Zdeňka Foustky byl začátek první světové války, do níž musel záhy narukovat jako vojenský lékař rakousko-uherské armády v hodnosti asistenčního lékaře (hodnost užívaná rakousko-uherskými vojenskými lékaři na úrovni poručíka). Jeho nasazení v rámci armády monarchie však netrvalo dlouho, neboť byl již v září 1914 na východní frontě při ústupu zajat.
Zakrátko se v zajetí dozvěděl o existenci České družiny, do níž si již v říjnu 1914 podal přihlášku. Přestože byl mezi českým odbojovým hnutím o jeho služby velký zájem, kvůli ruskému nátlaku byl zpočátku zaměstnán v jejich vojenských nemocnicích a k čs. vojsku se připojil až v květnu 1916, kdy se ujal zdravotnického dozoru nad záložními útvary čs. střelecké brigády.
