Závěrečný dokument konstatuje, že se podařilo vyřešit většinu
projednávaných otázek, několik zbývajících však zůstává neuzavřených. Rozdílně vykládají obě strany také osud takzvaného melkského procesu. Česká strana jej považuje za naplněný, rakouská nikoli. Melkský proces začal právě v melkském klášteře, kde na konci roku 2000 uzavřeli dohodu o řešení sporů kolem Temelína tehdejší šéfové vlád obou zemí Miloš Zeman a Wolfgang
Schüssel. Na právním hodnocení těchto ujednání se však obě strany neshodují.
Česko by chtělo dál pokračovat ve spolupráci na základě standardní
mezivládní dohody o výměně informací, kterou rakouský parlament letos v březnu konečně ratifikoval. Závěrečný dokument se na tuto dohodu také odvolává, pokud jde o další řešení otevřených bodů. Rakouská strana se ale výslovnému uznání konce melkského procesu vyhýbá.