Haagský tribunál zprostil Krajišnika obvinění z genocidy, avšak odsoudil jej za pronásledování, vyhlazování a nucené deportace za občanské války v první polovině 90. let.
Bývalý předseda bosenskosrbského parlamentu, nyní 61letý Krajišnik byl považován za "pravou ruku" srbského vůdce Slobodana Miloševiče, který v cele haagského soudu zemřel ještě před ukončením vlastního procesu.
Krajišnik byl zatčen a deportován do Haagu v dubnu 2000. Obžaloba mu kladla za vinu, že sehrál klíčovou úlohu v politice etnických čistek, kterou během občanské války v Bosně (1992 až 1995) uplatňovalo bosenskosrbské vedení vůči muslimskému a chorvatskému obyvatelstvu. Krajišnik veškerá obvinění popíral.
