Beskydy
Cyklobusy Connex jezdí tradiční spoj Ostrava - Frýdek-Místek - Ostravice - Horní Bečva - Rožnov pod Radhoštěm - Frenštát pod Radhoštěm. Druhá linka vede až na Slovensko po trase Nový Jičín - Rožnov - Bumbálka - Bílá - Klokočov - Turzovka.
Další dva směry zabezpečuje Valašský cyklobus z Valašského Meziříčí na Rožnov, Pustevny a Bumbálku a druhý z Velkých Karlovic na Hutisko, Solanec a Rožnov.
Brdy
Od začátku dubna jezdí každý víkend a přes státní svátky cyklobus z Dobřichovic přes Řitku a Mníšek pod Brdy do Kytína. Zpřístupňuje tak Hřebeny i jejich podhůří.
V provozu je okružní cyklobusová linka Connex na trati Příbram - Rožmitál - Orlík - Sedlčany - Dobříš - Příbram.
Český ráj
Cyklobusové linky ČSAD Semily spojují známá města Jičín, Turnov, Sobotku, Mnichovo Hradiště i Mladou Boleslav s nejnavštěvovanějšími skalními městy a památkami. Projíždějí kolem Prachovských skal, Hruboskalskem i Maloskalskem. Vedou nedaleko hradů Trosky a Kost, i zámku Humprecht. Jedna linka dokonce zajíždí z Turnova až do Liberce a Jablonce nad Nisou.
Český a Slavkovský les
Jeden cyklobus společnosti Autobusy Karlovy Vary jezdí z Toužimi přes Bečov do Karlových Var. Druhá linka spojuje téměř všechna významná města lázeňského trojúhelníku Karlovy Vary, Sokolov, Mariánské Lázně, Bečov, Kynžvart, Slavkov a Loket.
Hostýnské vrchy
Společnost Krodos vysílá cyklobusy na trasu Kroměříž – Troják – Zlín – Sirákov – Vsetín – Dušná Lohota - Valašské Meziříčí. Další dva spoje také kopírují loňský stav Valašské Meziříčí – Velká Lhota – Dušná – Vsetín – Troják a Kroměříž - Zlín – Otrokovice – Uherské Hradiště – Buchlovice – Stupava.
Jeseníky
Cyklobusy Connex obsluhují čtyři trasy. První linka jezdí z Olomouce přes Šternberk a Hvězdu na Ovčárnu. Druhá linka jede z Krnova přes Rejvíz do Jeseníku. Třetí spoj míří ze Zábřehu přes Šumperk a Hvězdu do Jeseníku. Čtvrtý cyklobus vozí cestující z Jeseníku do polských Glucholaz a přes Hvězdu do Karlova.
Místní Železnice Desná vozí cyklisty ze Zábřehu do Koutů.
Jizerské hory
Speciální linka jede z Liberce do Bedřichova. Další linky spojují Liberec s Jabloncem nad Nisou a Turnovem, Jablonec s Bedřichovem a Frýdlant se Smědavou.
Krkonoše
Jedna linka Krkobusu projíždí tam a zpět pod celými Krkonošemi z Harrachova do Horní Malé Úpy. Na tyto páteřní trasu navazují trasy z Jilemnice na Mísečky, z Trutnova na Pomezní boudy, z Žacléře do Bernartic, ze Semil a z Hostinného.
Turistické autobusy z Vrchlabí přes Špindlerův Mlýn na Špindlerovku na hlavním krkonošském hřebenu vozí i cyklisty. Další linky jedou pouze ze Špindlerova Mlýna.
Do Krkonoš a Jizerských hor jezdí z Liberce vlaky Českých drah vybavené na přepravu bicyklů.
Krušné hory
Cyklotramvaj z Mostu do Litvínova jezdí od 1. května do konce října každý víkend a během svátků.
Z Karlových Var jezdí cyklobusy přepravce Autobusy Karlovy Vary na Boží Dar a do Horní Blatné a poté sjíždějí z hor do Chebu.
Z druhé strany se do Krušných hor lze dostal cyklobusy Dopravního podniku Ústeckého kraje z Teplic na Moldavu a z Ústí nad Labem do Tisé a na Sněžník.
Orlické hory
Cyklobusy CDS Náchod spojují Adršpašsko-teplické skály se skalními městy Bledne skaly a Szcelinec Wielki v polských Stolových horách. Jedna linka jede z Náchoda přes Kudowa Zdrój, Karlow a Nowa Ruda do Broumova. Druhý směr vede z Hradce Králové přes Náchod a Karlow do Adršpachu. V Náchodě navazují cyklolinky na rychlíky nebo spěšné vlaky do Hradce Králové a Prahy.
Několik linek Audisbus jezdí z Rychnova nad Kněžnou, Dobrušky, Opočna a Kostelce nad Orlicí.
Další linky provozuje Orlobus z Náchoda, Jaroměře a Nového Města nad Metují.
Vedle cyklobusů mají cykloturisté směřující do Orlických hor k dispozici zvláštní železniční spoj Českých drah z Hradce Králové do Rokytnice, kde na něj navazuje cyklobus směřující na hřebeny.
Praha a okolí
Cyklovlak z Prahy do Slaného jezdí od apríla každý nepracovní den. Díky němu jsou cyklistům rychle dostupné Okoř, Budeč či Zákolanský potok. Druhý vůz vlaku je vybaven prostorem pro přepravu více jízdních kol. Vlaky odjíždějí z pražského Masarykova nádraží v 9:03 a 13:25 h. Ze Slaného se vracejí v 11:14 a 16:44 h.
Na Křivoklátsko a do Českého krasu se žádné cyklobusy nechystají. Dobrou práci za ně dělají vlaky, které křižují obě chráněné krajinné oblasti. To samé se týká i nedalekého Rakovnicka a Kokořínska. Ve většině vlaků mimo rychlíky lze použít tak zvanou zjednodušenou přepravu jízdního kola, což znamená, že ho můžete naložit sami do uličky vlaku, ohlídat si ho a zaplatit průvodčímu za bicykl až za jízdy.
Šumava
Hustá síť speciálních autobusových a vlakových spojů propojuje celou Šumavu i Pošumaví od Českých Budějovic ke Kašperským Horám, Kvildě, Vyššímu Brodu, Dolními Dvořišti, Českému Krumlovu a Třeboni. Cyklobusy Jihotrans zasahují až do regionu Česká Kanada.
Cestovní kancelář Skitur vozí cyklisty na Šumavu každou sobotu ráno z Prahy a vrací se v neděli večer.
Železné hory
Z Pardubic jezdí cyklobusová linka Connex přes Chrudim na Seč a do Heřmanova Městce. Další spoj stejné společnosti míří z Pardubic přes Litomyšl do Hlinska. Je tedy ideální pro poznání oblasti Toulcovy maštale.
Na železniční tratě mezi Pardubicemi, Havlíčkovým Brodem a Žďárcem jsou nasazeny speciální vagony s prostory pro kola.
