V současné době se tedy České dráhy zatím hodlají řídit heslem „zastavíme, co můžeme“. To znamená, že kolejiště i nádraží zatím zůstává, protože pro ně neexistuje alternativa, developerské projekty však už nyní začnou zabírat téměř všechny ostatní dostupné plochy. Nové domy vyrostou na takzvaných brownfields v okolí nádraží a na místě nepoužívaných kolejí, které České dráhy označují za „zbytný majetek“. Stavět se bude především podél ulice Na Florenci. Z celkových 125 tisíc metrů čtverečních nádraží bude pro nedopravní účely využito asi 80 tisíc. Jeden metr čtvereční pozemků se bude odhadem prodávat asi za šedesát až osmdesát tisíc korun.
Nádraží ale přesto zmizí. „Ale podle mého soukromého odhadu nejdříve za 40 let,“ řekl ředitel majetkového odboru Českých drah Karel Tabery. Studie s uzavřením a zrušením nádraží počítají až po zprovoznění náhradních tratí a stanic. Podle první, takzvané tunelové varianty by vlaky z Karlína směrem na Smíchov překonávaly centrum města tunelem, stavěly by v nové zastávce s pracovním názvem Opera nedaleko Hlavního nádraží a také na Karlově náměstí. Druhá varianta navrhuje rozšířit kapacitu Hlavního nádraží, a to zapuštěním nových nástupišť pod zem. „Funkční by zůstal i Negrelliho viadukt, který by byl napojen na tunely,“ vysvětlil Karel Hejtmánek z Českých drah. Jak hlavní město, tak železnice tento model podporují na základě memoranda o „průjezdném modelu Prahy“. Masarykovo nádraží by proto mělo ustoupit novým stanicím a tunelům, aby se městská železnice mohla stát obdobou německé S-Bahn, kterou mohou lidé projet celé město.
Součástí budoucího řešení je také zeleň na místě současného kolejiště nádraží a prodloužení Opletalovy ulice tak, aby spojila první a osmou městskou část. Beze změny zůstanou jen památkově chráněné historické budovy nádraží.
Změny čekají do budoucna i další nádraží. České dráhy se budou zbavovat těch částí svých areálů, které dlouhodobě nevyužívají a které navíc vypadají jako skládky a rumiště. Takový osud čeká například nákladovou část nádraží na Smíchově a v Holešovicích a také celé nákladové nádraží Žižkov, odkud už třicet let nevyjel jediný vlak s cestujícími. Město se přitom dušuje, že na projekty, které v těchto místech vzniknou, bude důkladně dohlížet. „Například u Smíchovského nádraží máme přímo podmínku pro developera, který musí do svého projektu zahrnout výstavbu nové školy,“ uvedl ředitel Útvaru rozvoje hlavního města Prahy Bořek Votava.
Masarykovo nádraží
Umístění nejstaršího pražského nádraží navrhl v roce 1842 Jan Perner, budovy architekt Antonín Jüngling. Nádraží bylo součástí trati Praha-Olomouc. Nyní slouží hlavně pro regionální dopravu z východu a severu Česka. Denně jím projde asi 30 tisíc cestujících.
