Dokument kritizuje činnost českého ministerstva financí, které má na starosti kontrolu systému čerpání peněz v jednotlivých operačních programech. Tato kontrola v Česku jako v jediné zemi EU nefungovala. "U jednoho auditního orgánu (Česká republika) bylo zjištěno, že v podstatě nefunguje," stojí ve zprávě.
Ministerstvo financí v reakci upozornilo, že primárně odpovědným za kontrolu je řídící orgán, tedy ten, kdo vynakládá prostředky a je zodpovědný za jejich utrácení.
Podle EK je přitom činnost ministerstva financí klíčová. Z výroční zprávy vyplývá, že ministerstvo financí nezvládlo dohlížet na pravidla čerpání a jeho audity v jednotlivých programech. V programech byly chyby a podvody, které měli většinou na svědomí příjemci dotací nebo ti, kteří je rozdělovali. Státní rozpočet kvůli tomu následně přišel o miliardy korun.
Podle mluvčího ministerstva Ondřeje Jakoba hovoří komise ale o předchozím období. "Zejména o systému auditu, který fungoval do roku 2012, kdy tzv.
pověřené auditní subjekty byly organizačně začleněny do struktury řídících orgánů," uvedl Jakob.
Od letošního roku byla na žádost komise zavedena centralizace auditních činností, což EK hodnotila pozitivně. "Při bilaterálních jednáních v květnu tohoto roku v Praze i v červnu v Bruselu konstatovala uspokojení nad centralizací auditu a jeho výsledky," poznamenal mluvčí.