Kompletní rekonstrukcí projdou všechny hlavní a část vedlejších tratí na území hlavního města a přibude 8 nových vlakových stanic. Po přestavbě bude mít Praha čtrnáct linek příměstské železnice a čtyři spěšné meziregionální. Kompletně dostaveno má být v roce 2015.
Klíčem ke změně je dokončení v současnosti budovaného nového spojení. Což je v zásadě velkokapacitní propojení Hlavního a Masarykova nádraží se stanicemi Libeň a Vysočany.
„Oproti dnešku, kdy jezdí vlaky z Hlavního nádraží směrem na Kolín pouze po jediné koleji, jde o výraznou změnu,“ píše se ve zprávě, kterou k Evropskému týdnu mobility vydaly společně hlavní město Praha, České dráhy a Ropid jako organizátor dopravy ve městě. Výstavba nového spojení, které má být hotovo v roce 2008, poskytne příměstské dopravě zcela nové možnosti.
Zřídí se nové linky příměstské dopravy, které povedou napříč Prahou. Takové mají vzniknout dvě. První spojí Milovice, Lysou nad Labem a Čelákovice přes centrum Prahy s Říčany a Strančicemi, druhá pak Nymburk, Poříčany, Český Brod a Úvaly opět přes pražské hlavní nádraží s Černošicemi, Dobřichovicemi a Řevnicemi. Intervaly na těchto tratích budou ve špičkách pracovního dne 15 minut. Stejného intervalu se dočkají i cestující z Kralup a Kladna.
Dalšími důležitými dopravními stavbami na území města budou modernizace železniční trati do Kladna s výstavbou odbočky na letiště, elekrifikování železniční trati z Vysočan do Lysé a zavedení osobní dopravy na v současnosti výlučně nákladní trať přes Malešice.
Zřídit se má i osm nových železničních zastávek. Do dvou let to budou zastávky Podbaba a Rajská zahrada. Poté i Kačerov, Eden, Malešice, Zahradní město, Vyšehrad a Holešovice-Bubny. Stanice Vyšehrad ovšem nevyužije svou nynější chátrající historickou budovu, ale bude posunuta dále k Nuslím. Na všechny příměstské linky mají být postupně nasazeny nové moderní klimatizované soupravy 471 City Elefant, nabízející cestujícím kromě první třídy i možnost přepravy kol a invalidních vozíků. Úplným začleněním železnice do pražské městské dopravy se cestujícím v Praze výrazně zkrátí doba cestování.
Linky městské a příměstské dopravy
Praha Mas. n.-Nymburk-Kolín
Praha Mas. n.-Kutná Hora město
Mělník-Praha hl. n.-Vrané n. Vlt.-Dobříš
Mělník-Praha hl. n.-Vrané n. Vlt.-Čerčany
Praha Mas. n.-Kralupy n. Vlt. / Roudnice n. L.
Praha Mas. n.-Kladno-Ostrovec
Praha hl. n.-Rudná u P.-Beroun
Praha-Libeň-Praha hl. n.-Beroun
Praha-Vysočany-Praha hl. n.-Benešov u P.
Řevnice-Praha hl. n.-Poříčany-Nymburk hl. n.
Strančice-Praha hl. n.-Milovice
Praha Mas. n.-Praha letiště
Praha-Hostivař-Praha-Malešice-Roztoky u Prahy
Linky meziregionální dopravy
Jihlava-Kolín-Praha-Beroun-Plzeň
Pardubice-Kolín-Praha-Kralupy nad Vltavou-Ústí nad Labem-(Děčín)
Hradec Králové-Nymburk hl.n.-Praha-Benešov u Prahy-Tábor-(Č. Budějovice)
Mladá Boleslav-Neratovice-Praha-Kladno-Rakovník
