Po válce působil ve Sboru národní bezpečnosti jako velitel stanice v Chlumu u Třeboně a později jako okresní velitel v Tachově. Odtud 11. ledna 1949 uprchl do Německa.
V průběhu let 1949–1950 se Jan Hošek jako agent-chodec několikrát vrátil do ČSR. Neúspěšně se pokoušel na Tachovsku vybudovat ilegální síť. V červnu 1951 se do Československa vydal znovu, tentokrát na Třeboňsko, kde chtěl také vytvořit špionážní síť a měl v úmyslu umístit v jižních Čechách vysílačku. Dne 31. července 1951 byl ovšem dopaden.
Na sklonku roku 1951 připravovalo velitelství Státní bezpečnosti velký proces s agenty-chodci, jenž byl schválen a neprodleně se začal uskutečňovat. Jako hlavní obžalovaný v procesu s osmi lidmi, který proběhl ve dnech 10.–12. ledna 1952, byl vybrán právě Jan Hošek. Soudce označil obviněné za zločince, kteří se sami natrvalo vyřadili z lidské společnosti. Nejvyšší tresty pak odůvodnil takto: „Společnost spějící k socialismu nemůže trpěti ve svých řadách taková individua, jakými se projevili obvinění. Společnost usilující, aby byl odstraněn odvěký kořen zla a lidské bídy, hladu a válek kapitalismu, musí v zájmu uskutečnění svých snah obviněné odstraniti.“
Jan Hošek byl za velezradu a vyzvědačství odsouzen k trestu smrti. V procesu padlo trestů smrti celkem pět a dále tři doživotí. Odvolání i žádosti o prezidentovu milost byly zamítnuty.
Jan Hošek byl spolu s ostatními popraven necelé tři týdny po procesu, 6. února 1952. Jako „vedoucí “ protistátní skupiny šel na popravu poslední. Jeho poslední slova byla: „Nebylo mi dovoleno se hájit.“
