Za Žáčka se postavil bývalý studentský vůdce Martin Bartůněk, který inicioval protipetici na podporu ústavu. Přidal se k němu Havlův „revoluční“ poradce Jiří Křižan, disident a exministr vnitra Jan Ruml a bývalí studentští vůdcové Monika MacDonagh-Pajerová, Igor Chaun a Martin Mejstřík.
Spor o Žáčka je v podstatě sporem o malíře a Havlova kamaráda Josku Skalníka. Rozbuškou konfliktu se stala kniha dokumentů „Občanské fórum, den první“, kterou k 20. výročí pádu komunistické diktatury ústav otiskl. Jeden dokument naznačuje, že Skalník byl důležitým zdrojem informací StB z prostředí vznikajícího OF.
Krátce po zveřejnění se ozval Stanislav Penc, který historikům vyčítá, že pracovali pouze s materiály StB a Skalníka neoslovili. Podle Pence nejde o první pochybení šéfa ústavu Žáčka a žádá jeho odvolání. 17. listopadu se k jeho petici připojil i Václav Havel. „Jelikož jde již o několikáté manažerské a profesní selhání ze strany ÚSTR, žádáme Radu ÚSTR ... aby bezodkladně odvolala současného ředitele a vyhlásila konkurz na nového,“ stojí v petici.
Signatáři protipetice naopak tvrdí, že ústav je nenahraditelnou institucí a výpady proti řediteli jej ohrožují. „Je nutné poznat a pochopit příčiny, které vedly k nastolení a trvání totality... Účinným a nenahraditelným nástrojem k tomu je Ústav pro studium totalitních režimů. Tendence ČSSD a KSČM ke zrušení či paralyzování tohoto ústavu považujeme za nebezpečné a trestuhodné. Stejně tak neuvážené pokusy o zpochybňování jeho práce... Proto vyslovujeme ústavu a jeho činnosti plnou podporu,“ píší.
