Vystřídal farnosti sv. Víta (jako pomocný kněz), ve Stodůlkách, v Kladrubech u Stříbra a jako administrátor od listopadu 1970 v Litoměřicích. V březnu 1974 měl promoci doktora teologie, začal učit na teologické fakultě a stal se kanovníkem kapituly Všech svatých v Praze na Hradě.
26. července 1989 byl jmenován sídelním biskupem litoměřickým a o měsíc později v katedrále svatého Štěpána vysvěcen. Na Štědrý den roku 2003 jmenoval papež Jan Pavel II. diecézním biskupem Pavla Posada, po jehož nástupu Josef Koukl zastával úřad biskupského vikáře pro záležitosti styku se zahraničím. V roce 2005 obdržel jako první Čech Evropskou Karlovu cenu Sudetoněmeckého krajanského sdružení (SL) za úsilí o česko-německé smíření.
Zemřel v sobotu 22. května ráno v litoměřické rezidenci. Pohřební mše svatá bude sloužena v sobotu 29. května ve svatoštěpánské katedrále ve 14 hodin, poté budou jeho ostatky uloženy do biskupské hrobky na místním hřbitově. Televize Noe přinese přímý přenos.
Profily osobností, které opustily tento svět, připravuje Jan Rejžek
