Jedním z problémů je i produkce dalších skleníkových plynů, například oxidu dusného. Ten se sice v atmosféře vyskytuje ve velmi malých množstvích, ale co do skleníkového efektu je až třistakrát „silnější“ než CO2. Oxid dusnatý má také podstatně delší životnost.
Množství oxidu dusnatého, jež se dostane do ovzduší při pěstování kukuřice nebo řepky na výrobu biolihu či bionafty, pravděpodobně vyvolá tak silný skleníkový efekt, že to zcela anuluje potenciální přínos v podobě snížené produkce oxidu uhličitého.
