Podle obžaloby Thoma v roce 2010 podepsal dodatek ke smlouvě na IT zakázku v hodnotě 37 milionů korun, aniž by ji schválila rada města. Obvyklá cena za podobnou zakázku může být podle znalců až o 12 milionů nižší. Thoma od začátku vinu popírá. Rozsudek není pravomocný.
Podstatou stíhání byla skutečnost, že primátor podle policie v červnu 2010 jako úřední osoba neoprávněně uzavřel dodatek ke smlouvě o dodávce počítačového zařízení a vybavení se společností BitServis. Státní zastupitelství začalo případ řešit před třemi lety, ale po několika měsících primátorovo stíhání zastavilo. Policie se předloni k vyšetřování vrátila a státní zastupitelství tehdy podalo návrh na obžalobu Thomy.
Podle státního zástupce Václava Průchy nelze Thomovu vinu zpochybnit. Žalobce zdůraznil, že Thoma podepsal dodatek, aniž by byl projednáván a schválen radou. Navíc podle Průchy dodatek představuje novou smlouvu, což si prý primátor musel uvědomovat. Pro Thomu žádal šest let vězení.
Thoma před soudem argumentoval tím, že původní smlouvu z roku 2007 schválila rada města. U dodatku z roku 2010 jej prý pracovníci odboru informačních a komunikačních technologií utvrdili v tom, že postupuje správně. Jeho advokát zase uvedl, že při dokazování nebyl bývalému primátorovi prokázán přímý ani nepřímý úmysl. Thoma dodal, že celá kauza je cílenou kampaní a má jej zlikvidovat.
Thoma, jenž byl primátorem v letech 2006 až 2014, se kvůli obžalobě nestal po předloňských podzimních volbách náměstkem primátora za tehdejší koaliční hnutí Občané pro Budějovice (OPB). Odůvodnil to tím, že se hodlá soustředit na soudní líčení a udělat maximum pro očištění svého jména.
