Obuvnickému řemeslu se Baťa vyučil u svého otce. V roce 1894 se ještě se starším bratrem Antonínem a sestrou Annou rozhodli osamostatnit a založili ve Zlíně vlastní obuvnický závod. Po předčasné smrti Antonína v roce 1908 se Tomáš stal majoritním vlastníkem firmy.
Po zkušenostech v zahraničí začal Baťa zavádět moderní metody řízení a organizace práce. V podniku zavedl vysoce efektivní pásovou výrobu, mohutně investoval do propagace a své zaměstnance motivoval příslibem podílu na zisku. Díky tomu udělal Baťa během 30. let ze své firmy největšího světového exportéra obuvi.
Jeho smrt přišla jako blesk z čistého nebe. O tragédii informovaly světové tiskové kanceláře i deníky. Do Zlína následně zamířily stovky kondolenčních telegramů - i od prezidenta Tomáše Garrigua Masaryka.