Nejhorší pohroma přišla na přelomu prvohor a druhohor před 250 miliony let. Tehdy zmizelo snad až přes devadesát procent druhů, což je nejlépe doloženo u mořských organismů. Hlavní příčinou vymírání byla změna klimatu. Doloženo je i značné oteplení. Dočasně mohla zaniknout i ozonová vrstva, takže na zemský povrch pronikala biologicky škodlivá složka ultrafialového záření slunce. Impulzem byl buď rozsáhlý vulkanismus, nebo dopad planetky či jádra komety.
Který z těchto faktorů způsobil katastrofy před 250 a 200 miliony let, nelze s určitostí říct. Je však téměř jisté, že to byly dopady jednoho či spíše několika kosmických těles, které před 65 miliony let velké dinosaury vyhubily.
