Škody se nevyhnuly ani prvořadým historickým materiálům, jako jsou svazky, které si StB vedla k Janu Palachovi, babickému případu či mostecké aféře.
Úplně zmizel skupinový vyšetřovací spis Ústí, ve kterém StB zdokumentovala rozprášení odbojářské skupiny z 50. let. Zmizely také některé unikátní fotografie, které pořizovala StB při špiclování protivníků – ty asi ze studovny ústavu ukradli badatelé.
Kdosi také neodborně rozpáral vazbu několika podsvazků spisu týkajícího se Palacha. Oficiální záznam o poškození archiválie z 12. ledna 2009 konstatuje, že kromě zničení vazby došlo i ke "ztrátě listů".
Řadu materiálů – Babice, mostecká aféra – poškodila digitalizace. K ní se totiž často používaly nevhodné průtahové skenery. Kvůli nim bylo nutné zničit původní vazbu a občas došlo k potrhání listů.
Za stav materiálů zodpovídá ústavu podřízený ředitel Archivu bezpečnostních složek Ladislav Bukovszky. Za poškození Palachova spisu může podle něj "lidský faktor", nikoliv systémové selhání.
LN ovšem mají k dispozici desítky záznamů o poškození archiválií, které sepisovali Bukovszkého podřízení od roku 2008. Právě kvůli tomu, že nedokázal zabránit dalším škodám na archiváliích, nedávno prozatímní šéf ústavu Zdeněk Hazdra navrhl Bukovszkého odvolání.
