Ministerstvo zdravotnictví podle Plagy doplnilo svůj systém pro označování rizika nákazy v okresech o takzvaný semafor pro školy. V současnosti jsou podle mapy ministerstva všechny regiony s výjimkou Prahy a Frýdku-Místku v nejnižším, tedy nulovém stupni rizika, ve kterém budou moct fungovat ve standardním režimu.
Při zahájení školního roku se od dětí nebude vyžadovat prohlášení o bezinfekčnosti, které bylo podmínkou návratu do škol v květnu a červnu. Na rozdíl od jara ministerstvo školství s epidemiology nestanovilo nyní ani žádná pravidla pro omezení počtu žáků ve třídách, mohou se tedy sejít celé. Konkrétní podmínky provozu a vnitřního režimu škol mají stanovit ředitelé.
Za přísných hygienických podmínek budou moct fungovat i školní jídelny. Žáci z různých tříd by se v nich ale měli potkávat co nejméně. Jídelny proto mohou obědy vydávat delší dobu, nebo mohou vymezit části místnosti pro jednotlivé třídy. Zakázáno bude samoobslužné odebírání příborů, nápojů, polévek či salátů.