První etapu existence Popmuzea uzavřely katastrofální povodně v srpnu 2002. Velká voda tehdy vzala některé nástroje a velkou část knihovny: tento fond se v následujících letech podařilo obnovit a zásadním způsobem obohatit o některé unikátní tisky z Česka i zahraničí. Tehdy podalo Popmuzeu pomocnou ruku Národní muzeum, které mu poskytlo depozitář v Praze Horních Počernicích. Na podzim 2004 se jedna z tehdejších výstav Muzea a archivu populární hudby objevila v pražském KC Kaštan. Následující rok do něj přesídlilo celé Popmuzeum. Nová expozice a dokumentární centrum zde byla otevřena v září 2005 výstavou Zabte ho, je to kritik! o historii české hudební publicistiky. Působí zde dodnes. Sdružení si nicméně stále drží prostor ve Vagonu a příležitostně vystavuje i mimo Prahu i v zahraničí.
- 23. prosince 2008