V první řadě je třeba pozastavit se nad faktem, že zmiňovaná studie posuzuje pouze některé fragmenty bioprodukce, a proto na jejím základě nelze vyvozovat zobecňující stanoviska. Sledujeme-li výhradně obsah živin, dojdeme skutečně k závěru, že mezi konvenční produkcí a bioprodukcí nemusí být žádné významné rozdíly. Je to však totéž jako hodnotit kvalitu auta podle skutečnosti zda má nebo nemá otevíratelná okénka a na základě tohoto sledování prohlásit, že mezi trabantem a mercedesem není žádný rozdíl a tudíž je proklamovaná vyšší kvalita mercedesu podvod.
Výsledky hodnocení nutriční a hygienicko toxikologické jakosti rostlinných produktů nepřináší vždy zcela jasný výsledek, zda jsou "zdravější" produkty ekologické nebo konveční.
Samozřejmě můžeme předpokládat, že pěstitelský systém bude mít pouze minimální vliv na obsah například určité minerální látky (fosfor, vápník apod.). Podstatné je ale zohlednit celý pěstitelský a zpracovatelský komplex. V ekologickém zemědělství je velmi populární například pěstování pšenice špaldy. Tato plodina je přizpůsobena pěstování při snížené hladině výživy dusíkem, bez pesticidů. Její pěstování v konvenčním pěstování za použití vyšší dávek dusíku vede ke snížení výnosu a kvality zrna. Tato pšenice má vyšší obsah minerálních látek, některých vitaminů nebo aminokyselin.
Podstatné je její zpracování dle zásad ekologického zemědělství, kde je prioritou použití minima přídatných látek jako jsou konzervanty, syntetická barviva apod. Zrno je zpracováváno na celozrnnou mouku, která není z technologického hlediska vhodná pro velkovýrobní pekárny, čímž mimochodem dochází k podpoře drobných a středních regionálních výrobců a celkové pestrosti nabídky.
Velmi častým argumentem odpůrců ekologického zemědělství je absence postřiku fungicidy vůči houbovým chorobám. V ekologických produktech by údajně měl být vyšší obsah nebezpečných mykotoxinů. Doposud publikované studie ukazují opak.
V ekologickém zemědělství jako důsledek nižší úrovně dusíku jsou rostlinná pletiva více vyzrálá a rostlina je odolnější vůči napadení houbami. Takovýchto příkladů je možné nalézt nesčetné množství, problém nutriční a zdravotní kvality není černobílý. Při interpretaci výsledků studií je vždy vhodné zohlednit konkrétní půdně-klimatické podmínky, odrůdu nebo způsob zpracování. Můžeme předpokládat, že v obou pěstitelských systémech je možné vyprodukovat potraviny více či méně kvalitní, ale konzument si musí sám vybrat, zda zvolí produkt, který byl vyroben ze surovin se známým původem a za použití pouze povolených přídatných látek, nebo vybere sice levnou potravinu, ale s často pochybným původem, která je například složena z německé mouky, čínské marmelády, amerických barviv a zvýrazňovače chuti z austrálie.
Nezodpovězenou otázkou je pak vzájemné působení těchto látek na lidské zdraví ve vzájemné interakci.
I když ale připustíme vyšší zdravotní a nutriční kvalitu bioproduktů jako stále diskutabilní, je potřeba zmínit ještě další velmi významnou, avšak prakticky úplně opomíjenou věc. Nákup bioproduktů nelze brát pouze tak, že si pořizujeme zdravější potravinu. Přinejmenším stejně významné je, že zároveň podporujeme celý systém šetrnější k životnímu prostředí. Při hodnocení bioproduktů tak nelze vyvozovat závěry pouze na základě posouzení části koncového produktu. Je potřeba monitorovat a hodnotit i všechny procesy související s jeho vznikem.
Abychom se dostali k úplně objektivnímu posouzení, bylo by potřeba například rozebrat celý řetězec aktivit (a s nimi související ekologickou zátěží), které konvenční zemědělství potřebuje pro produkci chemických hnojiv, pesticidů, posoudit odlišnosti v uplatňované agrotechnice, atd.. Jde o celé dlouhé procesy zahrnující např. přepravu, výrobu, uskladňování – to vše ještě před tím, než se dostáváme k vlastní zemědělské činnosti na poli.
Ekologické zemědělství celou řadu těchto procesů nevyužívá, nebo je využívá v mnohem omezenější míře. Také jeho přínos pro vyšší biodiverzitu, lepší kvalitu vody a půdy, welfare zvířat, atd., je dávno prokázaný a nezpochybnitelný. To vše si pořizujeme jako "neviditelnou" součást bioproduktů a smutným faktem je, že si to jen velmi málo spotřebitelů uvědomuje. Už jen na základě těchto údajů tedy nelze bioprodukty jednoznačně odsuzovat nebo dokonce označovat za podvod.
