Při dovolené v protektorátu v roce 1940 se pokusil o útěk, nicméně v Maďarsku byl zadržen a poslán zpět. O útěk se pokusil znovu o několik měsíců později a tentokrát byl úspěšný. Ve Francii se zúčastnil bojů v řadách prvního pěšího pluku, odkud byl v červenci 1940 transportován do Anglie. Zde povýšil na četaře a zúčastnil se speciálních výcviků pro zvláštní úkoly, které zahrnovaly sabotážní kurz, paravýcvik a kurz průmyslové sabotáže.
Hrubý byl zařazen do výsadku Bioscop, který vedle něj tvořili Josef Bublík a Bohuslav Kouba. Skupina měla za úkol společně se skupinou Bivouac provádět sabotáže v továrnách, zejména ve Zbrojovce ve Vsetíně a na vybraných tratích na Moravě. Výsadek provedli 28. dubna 1942 na Křivoklátsku. Jelikož se jim ale nepodařilo navázat kontakt s odbojem, přesunuli se do Prahy, kde se podřídili velení Adolfa Opálky. Za pomoci odbojářů se zde ukrývali v konspiračních bytech.
Po atentátu na Reinharda Hqeydricha se Hrubý ukrýval v kostele svatého Cyrila a Metoděje v Resslově ulici, v jehož kryptě po boku parašutistů Gabčíka, Valčíka a Švarce spáchal 18. června 1942 sebevraždu.
V roce 1945 byl posmrtně jmenován podporučíkem pěchoty a zároveň povýšen do hodnosti poručíka pěchoty. Roku 1948 získal hodnost nadporučíka pěchoty a v roce 2002 do hodnosti podplukovníka pěchoty.
