V roce 1990 se Filkus stal poprvé poslancem Federálního shromáždění za hnutí Veřejnost proti násilí (VPN), setrval tam do svobodných voleb v témže roce. Po rozštěpení VPN patřil o rok později ke spoluzakladatelům Hnutí za demokratické Slovensko Vladimíra Mečiara. Jako poslanec HZDS se vrátil do federálního parlamentu po volbách v roce 1992.
Ve Stráského vládě působil Filkus do rozdělení československé federace. Po vzniku samostatného Slovenska byl jmenován velvyslancem v Rakousku. V roce 1993 z HZDS odešel a později se stal významným představitelem Demokratické unie Slovenska (DUS), kterou založili spolu s Jozefem Moravčíkem a Milanem Kňažkem. V Moravčíkově vládě byl Filkus v roce 1994 ministrem financí.
Po celý svůj život pracoval Filkus hlavně jako ekonom, připomínají slovenské servery. Dlouhé roky působil ve Slovenské akademii věd a měl titul profesora.
