Zastánci sebevraždy připomínají, že Masaryk měl po komunistickém převratu důvod pochybovat sám o sobě. Nepodal totiž spolu s dvanácti ministry demokratických stran demisi, a komunistům tak de facto pomohl převrat navenek legalizovat.
Zastánci vraždy staví hlavně na posudku odborníka na biomechaniku Jiřího Strause, podle kterého nemohl Masaryk z okna vyskočit sám. Okolnosti pádu podle něj svědčí o tom, že Masaryka z okna vystrčila minimálně jedna osoba. Bývalá důstojnice sovětské tajné služby, Jelizaveta Paršinová, zase nedávno řekla České televizi, že Masaryka zavraždili její nadřízení kvůli tomu, že s nimi odmítl spolupracovat
