Rodačka ze Strakonic vystudovala Vysokou školu architektury a pozemního stavitelství při ČVUT v Praze. Poté pracovala ve státním projektovém ústavu v Praze. Odtud v roce 1967 společně s manželem založili vlastní ateliér Alfa. Jelikož manželé nesouhlasili se sovětskou okupací v srpnu 1968, mohli poté tvořit jen omezeně a například se nemohli zúčastnit architektonických soutěží, což vedlo k zániku ateliéru. Machoninová se stala se zaměstnankyní Projektového ústavu hl. m. Prahy, kde především vykonávala dozor nad projekty. Kromě toho se věnovala interiérovému designu. V roce 1991 obnovila Ateliér Alfa, již však bez manžela, který zemřel v roce 1990.
Tvorba manželů Machoninových je ceněna pro svoji nadčasovost, Machoninová proslula experimentováním s novými materiály a technologiemi. Při utváření vlastního stylu vycházeli i ze znalosti světové architektury a z poznatků z cest.
  |
Již několik let po ukončení studií s manželem vyhráli první významnou soutěž, a to na stavbu Domu kultury v Jihlavě. Dalším velkým úspěchem bylo vítězství v soutěži na stavbu mezinárodního hotelu a festivalového kina v Karlových Varech, tedy dnešního hotelového komplexu Thermal.
Krátce po založení ateliéru Alfa dostala nabídku, aby navrhla Dům bytové kultury (DBK) na Budějovické ulici v Praze. Nakonec dala podobu celému okolí, krom DBK navrhla i stanici metra a dvě administrativní budovy. Na podobě náměstí se později podílela i její dcera Pavla Kordovská, která spolu s manželem navrhla místní bankovní budovy.
K největším úspěchům Machoninových patří vítězství v soutěži na obchodní dům Kotva, který byl postaven v letech 1970 až 1975. Celou budovu poskládali ze samonosných šestiúhelníkových segmentů, čímž vyhověli požadavku na co největší prodejní plochu na poměrně malé parcele. Ve stejné době vyhráli i soutěž na stavbu velvyslanectví ve východním Berlíně, které je dnes ukázkovým příkladem čs. brutalismu.
Po smrti manžela Machoninová dále pracovala, navrhla řadu bytových a rodinných domů i interiérů. K nejvýraznějším jejím realizacím patří úprava centra Jablonce nad Nisou a náměstí ve Štětí.
Machoninová je držitelkou řady ocenění, například v roce 2006 jí byla udělena cena Grand Prix Obce architektů, která je nejprestižnější ve svém oboru v Česku. Loni získala Cenu Ministerstva kultury za přínos v oblasti architektury a v roce 2014 Poctu České komory architektů (ČKA). Podle webu archiweb.cz porota při výběru laureáta tohoto osobnostního ocenění ČKA ocenila zejména nadčasovou kvalitu jejího díla, „jež navíc vznikalo v době, která pro architekturu nebyla zrovna příznivá“. Porota také vyjádřila obavy o osud některých z jejích staveb (Thermal, velvyslanectví v Berlíně, Kotva) s tím, že „cítí povinnost připomenout majitelům a správcům těchto objektů, že se jedná o díla výjimečných architektonických kvalit“.
Věra Machoninová má tři dcery. Kromě Pavly, která je rovněž architektkou, Evu a Annu, obě jsou lékařky.
