Císař se do vysoké politiky dostal v roce 1963, kdy se stal tajemníkem ústředního výboru KSČ. Pod jeho odpovědnost podle Bárty spadala i oblast masmédií, školství, kultury i mezinárodních vztahů. "Během krátkého působení v této funkci se projevil jako liberální funkcionář a období jeho působení se vžilo pod označením ,milostivé léto'," podotkl Bárta.
Mezi jeho hlavní zásluhy patřilo, že se kromě snahy o personální změny na některých postech na rozdíl od svých předchůdců snažil navázat dialog s intelektuálním a kulturním prostředím. Režim mu pak ale vyčítal příliš benevolentní vztah k liberalistické inteligenci.
V letech 1963 až 1965 byl Císař ministrem školství a kultury. Poté byl pro své liberální postoje z funkcí odvolán a poslán do Rumunska jako velvyslanec.
Zpět ho povolal na jaře 1968 tehdejší šéf československých komunistů Alexander Dubček. Po rezignaci prezidenta Antonína Novotného se Císař stal jedním z prezidentských kandidátů. Podporovali ho především studenti.
Čestmír Císař
Kandidatury se však vzdal ve prospěch generála Ludvíka Svobody. V letech 1968 až 1969 byl předsedou České národní rady. Jako člen reformního komunistického hnutí byl v následujících letech zbaven všech politických funkcí.
Císař patřil v roce 1989 k zakladatelům Klubu za demokratický socialismus Obroda. V letech 1991 a 1992 byl necelý rok stálým československým představitelem u Rady Evropy. Později řekl, že novému polistopadovému režimu jako reformní komunista překážel.
